Филипп Александрович Агальцов родился 8 (по новому стилю – 20) января 1900 года в селе Солдатское (ныне – Ефремовский район Тульской области).

В июле 1919 года был призван на службу в РККА. Участвовал в Гражданской войне, сражался против польских войск и антисоветских формирований на Украине.

После окончания войны продолжил службу в Красной Армии. В 1925 году окончил Киевскую ВПШ, в 1932 году – Военно-политическую академию, в 1934 году – курсы лётчиков при Качинской ВАШЛ.

В 1937-1938 годах находился в специальной заграничной командировке в Испании, сражался на стороне республиканцев, будучи комиссаром их ВВС. С 1938 года — членом Военного Совета ВВС РККА. С августа 1940 года командовал 50-м ближнебомбардировочным авиационным полком, расквартированном в Прибалтике.