Яков Иванович Алкснис родился 26 (14) января 1897 г. в крестьянской семье на территории Российской империи (современная Латвия). Незадолго до начала Первой мировой войны поступил в Валмиерскую учительскую семинарию, которую и окончил накануне Гражданской войны. В отличие от многих боевых командиров Красной армии, в годы Гражданской войны Яков Иванович не проявил себя настолько, чтобы удостоиться наград, хотя и занимал различные командно-политические должности (от комиссара дивизии до помощника командующего военным округом). Решив связать свою жизнь с армией, Я.И. Алкснис в 1924 г. окончил Военную академию и продолжил воинскую службу в Штабе РККА.

Непосредственно военной авиацией Яков Иванович начал заниматься с августа 1926 г., когда вступил в должность заместителя начальника Военно-воздушных сил РККА. Пять лет спустя, в июне 1931 г. Я.И. Алкснис стал начальником ВВС РККА, которые возглавлял вплоть до своего ареста в ноябре 1937 г. За время его работы советская авиация изменилась и качественно, и количественно, и организационно.